从犯罪客体看，走私毒品罪与运输毒品罪都侵犯了国家对毒品的管制秩序，但走私毒品罪还侵犯了海关的监管秩序，故二者的区别较为明显。不过，走私毒品也是动态的，不论是通关走私还是绕关走私，都必然使走私的毒品发生空间上的移动，故走私毒品很可能与运输毒品行为存在重叠之处。通常，对于在海关监管现场查获的走私毒品行为，只认定为走私毒品罪一罪即可，不另行评价运输行为。但是，对于既有走私毒品行为又有长距离运输毒品行为的，不论是将毒品走私入境后长距离运输，还是出境前长距离运输毒品的，都应当同时评价运输行为，认定为走私、运输毒品罪，而不能仅定走私毒品罪。例如，在最高人民法院2020年发布的“6 ·26”禁毒宣传典型案例中，被告人祝某受人雇用前往缅甸将毒品携带至我国境内并进行运输，被认定为走私、运输毒品罪，判处无期徒刑。

      实践中，有的毒品在境内运输途中被查获，行为人供述毒品是其从境外走私而来或者在边境向走私人购买所得，但缺少其他证据印证，难以认定其犯走私毒品罪，这种情况下可以仅认定为运输毒品罪，但可以酌予从重处罚。此种处理方式也适用于实为走私、贩卖毒品但因证据问题只能认定为贩卖毒品的案件。